在土壤中常常由于某些病原菌的存在而使作物发生病害，所以在进行土壤使用前应该对其进行消毒处理。在进行消毒时，应该根据病原菌种类的不同，而采取不同的消毒措施。
在生产上，最常用的土壤消毒方法就是药剂消毒。药剂消毒就是利用杀菌剂来消灭土壤中的病原菌。所使用的杀菌剂必须是高效低毒的，使用后对作物的生长及土壤的结构没有不良影响。
生物防治就是利用有益的微生物来防治有害生物。在农业上通常利用微生物之间的拮抗作用来减少病原菌的数量，从而减轻病害的发生。
物理防治就是利用一些物理方法来消灭土壤中的病原菌。例如高温处理、射线处理、机械处理等。
化学防治就是利用化学药剂来防治作物病害。化学防治具有高效、速效、使用方便、不受地区和季节限制等优点。但使用时要注意药品的安全，不能造成人畜中毒事故。
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